Pasal 49 Ayat (1) menyebutkan bahwa Pemerintah menyediakan dan mengelola dana abadi pesantren yang bersumber dan merupakan bagian dari dana abadi pendidikan.
Dalam Pasal 49 Ayat (2) sisebutkan bahwa ketentuan mengenai dana abadi pesantren sebagaimana dimaksud pada ayat (1) diatur dengan peraturan presiden.
Baidowi mengatakan bahwa ketentuan tersebut mewajibkan pemerintah untuk penyediaan anggaran pesantren dan pembentukan dana abadi pesantren yang bersumber dari dana pendidikan.
