Berikutnya Peristiwa Trisakti dan Semanggi I—II 1998—1999, Peristiwa Pembunuhan Dukun Santet 1998—1999, Peristiwa Simpang KKA Aceh 1999, Peristiwa Wasior Papua 2001—2002, Peristiwa Wamena Papua 2003, dan Peristiwa Jambo Keupok Aceh 2003.
“Kami sudah bergerak untuk wilayah Aceh dan Lampung dan selanjutnya juga kami mohon masukan di wilayah Yogyakarta dari 12 pelanggaran HAM berat, apa saja yang terjadi,” kata dia.
Sebagai langkah awal, tim dari Kemenkopolhukam beraudiensi dengan Gubernur DIY Sri Sultan Hamengku Buwono X di Kantor Kepatihan, Yogyakarta pada hari Jumat (17/11) untuk meminta restu dan arahan upaya penyelesaian pelanggaran HAM berat masa lalu yang terjadi di wilayah DIY.
Menurut Sugeng, Sultan HB X menekankan agar persoalan HAM itu dituntaskan secara menyeluruh.