Pada hari yang sama, diadakan serah terima di Markas Besar ABRI di Cilangkap. Saat itu Letnan Jenderal Sugiono, selaku Kepala Staf Umum ABRI, menyerahkan panji-panji Polri kepada Letnan Jenderal Fachrul Rozi selakui Sekretaris Jenderal Departemen Pertahanan Keamanan. Mulai saat itu juga kepolisian sudah tidak dalam lingkup ABRI.
Pemisahan institusi kepolisian dari ABRI ke Dephankam, seperti dicatat Ahmad Yani Basuki dalam Reformasi TNI, tertuang dalam Keputusan Menhankam/Pangab nomor Kep/05/III/1999 tanggal 31 Maret 1999. Inilah yang disebut Menteri Pertahanan dan Keamanan merangkap Panglima ABRI Wiranto pada 1 Juli 1999 sebagai pemisahan dan kemandirian bertahap. Dari Fahrul Rozi, panji-panji itu lalu diserahkan kepada Kapolri Jenderal Roesmanhadi.
pada 10 Juli 1999, Presiden Habibie menjelaskan pembagian tugas antara polisi dengan tentara. Ia bahkan mengemukakan bahwa ke depan, Kapolda bisa saja dipilih oleh DPRD dan bertanggung jawab kepada gubernur. Sementara Kapolri akan bertanggung jawab kepada presiden dengan anggaran yang dimasukkan dalam anggaran Departemen Dalam Negeri.
Setelah Polri berpisah dengan ABRI, tiga matra yang tersisa namanya berubah tak lagi ABRI, melainkan jadi TNI, sementara kepolisian pun lepas dari Departemen Pertahanan dan langsung berada di bawah presiden.***
