Setelah lama berstatus buron, Soepardjo akhirnya tertangkap pada Hari Raya Idulfitri, 12 Januari 1967. Penangkapan dilakukan melalui Operasi Kalong yang digelar oleh Panglima Kodam V/Jaya, Brigjen Amirmachmud, dan dipimpin Kapten Cpm Suroso dengan melibatkan pasukan Raiders Kodam V Jaya.
Operasi itu berhasil menemukan Soepardjo di rumah seorang Kopral AURI bernama Sutardjo di Kompleks Halim Perdanakusuma, Jakarta Timur. Setelah sempat bersembunyi di loteng, ia menyerah ketika pasukan mengancam akan menembaknya.
